Начались выступления местного населения против шведов. Особенно крупный отряд собрал Кирилл Рогозин. В его отряде было до двух тысяч человек. Он несколько раз ходил на г. Корела, но взять его не смог. Партизанская борьба продолжалась многие годы.

     В 1582 г. силы шведов в колличестве 1200 человек были сосредоточены в г. Корела. Русский отряд из местных жителей под предводительством Рогозина, в количестве 1500 человек действовал на территории от Хийтола до Сортавала, перехватывал обозы и лодки.

     В 1583 г. было заключено Плюсское мирное соглашение, по которому Карельский уезд перешел под власть Швеции. Во время своего правления шведы сохранили прежнее территориальное деление, но изменили названия погостов. Так, на захваченной шведами территории были образованы 4 погоста: Куркиеки, Сортавала,  Иломанси и Салми. Погостами управляли фогты, которые подчинялись губернатору Кексгольма (Корелы).

     На опустевшие земли шведы в 1583 г. пригласили финских переселенцев из районов Яяске, Яуряпя, Савонлинна. Переселенцы занимали пустующие дома и земли, и на 3 года освобождались от всех налогов.

     Однако местное население не смирилось со шведской властью. Продолжалась жестокая партизанская война. Наводил страх на шведов отряд Рогозина. В районе Суоярви действовал отряд братьев Луки и Онитса Рясяненов. В Кирьяжском погосте действовал отряд Микко Ялкинена. Партизанские отряды базировались на русской территории в районе Олонца и Салми и совершали оттуда набеги на шведскую территорию. Так, в 1584 г. партизаны совершили поход в район Терву и Куркиеки, а в ноябре 1587 г. напали на рыбные промыслы в Асила.

     В 1588 г. комендант Кексгольмской крепости Эрик Теннесон писал королю: «…Карелы, подданные Вашего Величества, держат этих воров у себя и сопровождают их с места на место; и когда наше войско приходит в какую-нибудь деревню, где находятся бандиты, то они прячут их и божатся, что ничего не знают о них…  Иногда из Кексгольма посылались войска на расстояние 50-60 миль против партизан. Но когда какой-нибудь небольшой отряд удалится от крепости, крестьяне объединяются с ворами и убивают солдат…».

     Война быстро разгоралась, и в 1590 г. в ней снова приняли участие регулярные войска. Боевые действия оказались неудачными для шведов. 30 января 1592 г. в окрестностях Кексгольма произошло двухдневное сражение. Взять крепость русским не удалось, но все окрестности были опустошены.  17 ноября 1592 г. Юхан III умер. Это привело к тому, что 18 мая 1595 г. в Тявзино был подписан мирный договор. По этому договору г. Корела и Кирьяжский погост были возвращены России, но шведы закрепили за собой некоторые территориальные завоевания на севере и в Саво.

     Два года длился выход шведских войск и уточнение границы. 3 сентября 1957 г. в г. Кексгольм вернулись русские войска. Население начало возвращаться на освобожденные территории. Пострадавшие от войны земли на 10 лет освобождались от налогов. Желающим поселиться на этих землях, правительство оказывало экономическую помощь. Интересно, что многие финские переселенцы, приглашенные шведами, предпочли остаться и при русских. На них также распространялись все льготы.

     В 1595 г. при царе Федоре Иоановиче была учреждена епархия Корельская и Ореховецкого. Первым Корельским епископом стал Сильвестр. Он управлял епархией с 1595 г. по 1613 г. После ухода шведов кафедра располагалась в г. Корела. Епископ Сильвестр развернул энергичную деятельность по восстановлению церквей.