В 1618 г. была учреждена лютеранская епархия в Выборге, в подчинении которой оказался и Кексгольмский лён. Лютеранскому епископу были подчинены и православные приходы на завоеванных землях. В то время еще сохранилось 26 православных прихода и 13 действующих церквей.

В 1622 г. шведское правительство обязало Выборгского епископа искоренить православные службы и обратить православных в лютеранство. Началось активное строительство лютеранских церквей. Часто под лютеранские церкви использовали бывшие православные.

В 1625 г. в Стокгольме была открыта русскоязычная типография. В типографии печатали духовные книги на карельском и русском языках кириллическим шрифтом. В 1628 году Ханну Флёрих издал в Стокгольме лютеранский катехизис на славянском языке. Он специально предназначался для православных священников и дьяконов.

Все усилия шведских властей не давали результата. Уже в 1633 г. население возмущалось и требовало разрешения приглашать православных священников из России, чтобы вести службы, крестить детей и отпевать покойных.

Борьба местного населения за право исповедовать православную веру отцов постепенно переходила в вооруженную форму. 

В 1656 г. Россия предприняла попытку отвоевать территории, отошедшие к Швеции по Столбовскому договору. Основные боевые действия велись в Прибалтике. Православное население Приладожской Карелии воспользовалось этим, чтобы выступить против притеснителей. Религиозный характер восстания был настолько ясно выражен, что в шведских летописях война получила название «война за веру». 

В Тохмаярви, Липери и Иломанси вспыхнули восстания против шведов. Русские войска под командованием воевод Пушкина и Челищева выступили из Олонца на помощь восставшим. Православное население встречало русские войска как освободителей и всячески помогало им. Шведы и лютеранское население бежало из всей Приладожской Карелии.

3 июля 1656 г. русские войска численностью 2500 человек осадили крепость Кексгольм. За лето ими были предприняты несколько неудачных попыток взять крепость, и 26 сентября осада была снята. После ухода русских войск шведы прошли по Ладожскому побережью, сжигая православные церкви, разоряя дома православных карел, уничтожая скот. В этом же году была сожжена церковь Пресвятой Богородицы в Куркиеках и на этом месте больше  не восстанавливалась. Уцелели только церкви Воздвиженья Креста Господня в Тиурула, Николая Чудотворца в Микли и Успения Богородицы в Лапинлахти.